ساختار اول پروتئین (به انگلیسی: Protein primary structure) عبارت از آرایش و توالی خطی آمینواسیدها در یک پروتئین یا پپتید است که از سر آمینی (N) تا کربوکسیلیک اسید انتهایی (C) ادامه دارد. در ساختار اولیهٔ پروتئین، فقط شاهد پیوند پپتیدی و ترتیب قرارگیری آمینواسیدها هستیم. بیوسنتز پروتئین در سلول‌ها معمولاً توسط ریبوزوم انجام می‌گیرد اما تولید پپتیدها در آزمایشگاه نیز امکان‌پذیر است.
توالی‌یابی آمینواسیدها در یک رشته پروتئین، هم به‌طور مستقیم و هم از طریق بررسی رشته دی‌ان‌ای ابتدایی قابل انجام است.
نمادها و خلاصه‌نویسی
توالی‌های آمینو اسیدی معمولاً به‌صورت یک رشته از نمادهای سه‌حرفی یا تک‌حرفی نوشته شده در کنار هم، توصیف می‌شوند.
| آمینو اسید | نماد سه‌حرفی | نماد یک‌حرفی |
|---|---|---|
| Alanine (آلانین) | Ala | A |
| Arginine (آرژینین) | Arg | R |
| Asparagine (آسپاراژین) | Asn | N |
| Aspartic acid | Asp | D |
| Cysteine (سیستئین) | Cys | C |
| Glutamic acid (گلوتامیک اسید) | Glu | E |
| Glutamine (گلوتامین) | Gln | Q |
| Glycine (گلایسین) | Gly | G |
| Histidine (هیستیدین) | His | H |
| Isoleucine (ایزولوسین) | Ile | I |
| Leucine (لوسین) | Leu | L |
| Lysine (لیزین) | Lys | K |
| Methionine (متیونین) | Met | M |
| Phenylalanine | Phe | F |
| Proline (پرولین) | Pro | P |
| Serine (سرین) | Ser | S |
| Threonine (ترئونین) | Thr | T |
| Tryptophan (تریپتوفان) | Trp | W |
| Tyrosine (تیروزین) | Tyr | Y |
| Valine (والین) | Val | V |